По характеру воздействия на природу близко к «мелким нарушениям» посещение заповедной территории с разрешения администрации заповедника. По отношению к природе отличие сводится лишь к тому, что при дозволенных посещениях практически не возникает опасности серьезных нарушений. Люди допускаются на территорию заповедника только для познавательных экскурсий, обслуживания народнохозяйственных объектов, расположенных в пределах общей границы заповедника, и для охраны и изучения природы.
Экскурсии в заповеднике проводятся по двум маршрутам: автомобильному по Главному Жигулевскому хребту с выходом на гору Стрельную и пешеходному — от пос. Солнечная Поляна до родников Каменной Чаши. Это ограничивает их воздействие на природу, однако оно все-таки проявляется и наиболее заметно на горе Стрельной. За 10 лет проведения экскурсий обзорная тропа на гребне хребта расширилась местами до 3 м, а общая площадь с нарушенным и измененным растительным покровом составила около 0,2 га. При организации национального парка появится реальная возможность значительно ограничить экскурсии в заповедник.
Пребывание на территории заповедника персонала, обслуживающего народнохозяйственные объекты (нефте- и газопроводы, линии электропередачи и др.), сооруженные до организации заповедника на территории, вошедшей в его границы, вы звано технико-экономическими требованиями. Для радикального решения этой проблемы заповедник предложил составить перспективный план работы хозяйственных объектов в зоне заповедника, который предусматривал бы недопустимость создания новых объектов по мере выработки временного ресурса (амортизации) существующими сооружениями и возвращение в состав заповедника земель, освобожденных после ликвидации устаревших сооружений.
Строительство коммуникаций создало условия для проникновения сорных растений. За последние 50 лет появилось около 30 «новых» видов, часть которых оказалась конкурентами местной флоры. Так, в заповеднике уже есть плодоносящие деревья и небольшие куртины клена ясенелистного вдоль дорог, а циклахена дурнишниколистная за последние 10 лет заполнила все пустыри в городах и поселках и активно распространяется вдоль дорог с интенсивным движением.
Иногда угроза сохранности природного комплекса может возникнуть с совершенно неожиданной стороны. Так, существует реальная опасность нанесения ущерба природе при научных исследованиях. Для природы Жигулевского заповедника такую опасность представляет увлечение изучением редких растений. Это заставляет заповедник возражать против интенсивных исследований редких растений на его территории сторонними организациями, а при собственных исследованиях применять только такую методику, которая не приносит вреда особо охраняемым растениям.
Важнейшее условие сохранения природного комплекса заповедника — постоянство его границ. В истории Жигулевского заповедника это условие не соблюдалось. Последнее изменение границ в 1979 г. сопровождалось не только расширением территории, но и изъятием ее части. При этом уже в 1984 г. Жигулевский известковый завод, карьер которого непосредственно граничит с заповедником, выступил с требованием об обмене земельными участками. Требование это вызвано техническими трудностями в организации добычи сырья в пределах существующих границ карьера.
Сегодняшние трудности, испытываемые известковым заводом, — следствие неудачной стратегии природопользования, при которой не учитываются его отдаленные последствия. Такой подход к природопользованию совершенно несовместим с основными целями и задачами заповедника по сохранению его природного комплекса. В связи с этим заповедник предложил разработать научно обоснованный перспективный план работы горнодобывающих предприятий в зоне заповедника и национального парка, который учитывал бы необходимость сохранения природы Жигулей. Существуют два пути: первый — разведка аналогичного сырья за пределами Самарской Луки и разработка проекта их освоения с последующим переносом производства на новую базу; второй — возвращение к закрытому способу добычи.
Угроза природному комплексу заповедника исходит не только от хозяйственных объектов, расположенных внутри и в непосредственной близости к границам заповедника. Определенное значение имеет воздействие копытных и крупных хищников. Управление популяциями этих животных, столь важное для сохранения природы заповедника, может быть решено только для Самарской Луки в целом. И наконец, весьма существенное значение имеет общее состояние среды. Если в охране вод от загрязнения достигнуты успехи, то в охране атмосферного воздуха в районе заповедника еще много проблем. И сохранение природного комплекса заповедника в перспективе будет зависеть от успешности борьбы с загрязнением воздушного бассейна промышленными предприятиями, в первую очередь химическими комбинатами г. Тольятти.